单纯疱疹病毒结膜炎
单纯疱疹病毒结膜炎是一种自限性急性疾病。当高度怀疑或累及角膜时需进行医治。药物包括：局部0.15%更昔洛韦凝胶或1%三氟吡啶滴眼液;口服无环鸟苷、缬昔洛韦或伐昔洛韦。仅口服抗病毒药物可能不足以预防疾病进展，需增加局部抗病毒医治。低剂量口服抗病毒药物可长期预防复发性HSV角膜炎。局部糖皮质激素可加重HSV感染，应避免使用。抗菌药物医治对病毒性结膜炎无效。全身HSV感染可危及生命，因此新生儿需立即咨询儿科医生。
水痘/带状疱疹病毒结膜炎
该类结膜炎可伴发眼部其他疾病，如角膜血管形成、虹膜萎缩、继发性青光眼、干眼、神经营养性角膜炎等。且药物医治 较差，抗菌药物的使用目的是预防继发感染，而局部抗病毒药物对带状疱疹病毒结膜炎医治无反应。对于急性/亚急性且免疫能力强的患者，口服抗病毒药物可能 。但对于慢性或免疫力低下的患者，则需要长期的医治和预防。因此，强烈建议50岁以上的患者接种带状疱疹疫苗。
腺病毒性结膜炎
目前尚无 的医治方法根除腺病毒感染;然而，人工眼泪、局部抗组胺药、局部皮质类固醇、口服镇痛药或冷敷可减轻症状，该类患者不需要抗菌医治。但应充分认识到腺病毒引起的结膜炎具有高度传染性的。眼科医生在阻止其流行和传播中发挥关键作用，主要是通过教育患者和适当的家庭卫生习惯。应建议受感染的患者勤洗手和使用不同的毛巾，并避免在感染期间与其他人密切接触。
此外，结膜炎临床指南PPP还分别阐述了眼表鳞状细胞瘤、皮脂腺癌、眼黏膜类天疱疮结膜炎、Stevens-Johnson综合征/中毒性表皮坏死溶解(TEN)、衣原体性结膜炎、木样结膜炎、眼睑松弛综合征、接触传染性软疣等类型的医治。
