轻度细菌性结膜炎通常有自限性的。免疫力较强的成年患者一般不需要特殊医治。有研究表明，局部抗生素在医治初期(第2~5天)症状缓解较安慰剂快。但随着时间推移，局部抗生素医治 并不优于安慰剂。但医治可以减少传播性和缩短病程，因此医治可根据个人意愿而定。没有临床证据表明 一种抗生素的优越性。抗生素的选择通常根据经验，可选用广谱抗生素局部医治5~7天，或选择 方便的方案，1.25%聚维酮碘眼药水与抗生素滴眼液疗效相似。
中重度细菌性结膜炎的特点是大量脓性分泌物、疼痛和明显的眼部炎症。如怀疑淋球菌或耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)感染，应进行分泌物培养和涂片。抗生素的选择根据微生物实验室检测结果而定(关于抗生素选择或角膜受累时详见细菌性角膜炎PPP)。
临床上高度怀疑或确诊淋病奈瑟菌和沙眼衣原体感染时，需考虑全身抗生素医治。淋球菌结膜炎患者应每日观察，直至症状消退，必要时适当转诊。有这种情况的儿童应考虑性虐待。一项流行病学研究发现，革兰阴性菌引起的结膜炎在低体重或早产儿中发病率较高，且往往对庆大霉素具有耐药性。
应避免局部滥用抗生素或糖皮质激素，因为抗生素可引起药物毒性，糖皮质激素可延缓腺病毒感染，使HSV感染恶化。
