本病只有手术医治，一般需分次手术，分别 睑裂短小、内眦间距过宽和上睑下垂。
1、轻度睑裂短小：内眦成形，内眦赘皮 。
2、睑裂过于短小：内眦成形联合外眦开大成形。
3、上睑下垂 ：一般先天性小睑裂综合征都是重度上睑下垂，所以通常利用额肌悬吊术 上睑下垂。
手术时机：一方面要考虑提上睑肌自身发育，一方面要防止形成弱视，因此手术宜选择在3~5岁以后、学龄前进行。分次手术者两次手术间隔应在半年以上。
手术适应症：参照上睑下垂手术适应症，如合并眼球上转肌麻痹，患儿闭目时眼球不能上转(Bell现象不存在)时，术后易发生暴露性角膜炎，手术应特别慎重。另外由于内、外眦开大术皮肤瘢痕较多，已知为瘢痕体质者选择手术要慎重。
